Nakon Hrvatske, rat u bivšoj Jugoslaviji prenio se 1992. u Bosnu i Hercegovinu. Iako je njezin predsjednik Alija Izetbegović tvrdio da rata neće biti, hrvatski narod bio je duboko svjestan budućih događanja.
Još krajem 1991. na temelju ustavnog rješenja o osnivanju zajednica općina osnovana je Hrvatska zajednica Herceg-Bosna, a izbijanjem prvih većih oružanih sukoba 8. travnja 1992. na izvanrednoj sjednici u Grudama osnovano je Hrvatsko vijeće obrane.
Bio je to početak organiziranog otpora hrvatskog naroda srpskoj agresiji, a u HVO je stupio i znatan broj Muslimana. Još tijekom ustroja HVO bezuspješno brani Kupres, ali je obranio Livno. Osvajanjem čapljinske vojarne, HVO oslobađa prvu vojarna u Bosni i Hercegovini. U svibnju 1992. zajedno s Hrvatskom vojskom oslobađa zapadni dio dubrovačke općine i dio istočne Hercegovine, a sljedeći mjesec operacijom Lipanjske zore oslobođena je dolina rijeke Neretve.
Osim Hercegovine, HVO je uspio obraniti i dio prostora Srednje Bosne i Bosanske Posavine oko Orašja. Zbog sve većeg jačanja Herceg-Bosne, HVO je došao u sukob s pravaškim Hrvatskim obrambenim savezom koji je bio lojalan predsjedništvu BiH. Nakon ubojstva zapovjednika HOS-a Blaža Kraljevića HOS se počeo raspadati, a njegovi pripadnici su većinom prešli u redove HVO-a. Zbog različite koncepcije budućeg uređenja Bosne i Hercegovine te kao posljedica politike produbljivanja antagonizama između Hrvata i Muslimana HVO se u proljeće 1993. našao u teškom sukobu s Armijom BiH.
Sukob je smiren na inicijativu Sjedinjenih Američkih Država Washingtonskim sporazumom poslije kojega su HVO i Armija BiH zajedno s Hrvatskom vojskom oslobodile širok prostor zapadne i srednje Bosne. To je dovelo do kraja rata i sklapanja Daytonskog mirovnog sporazuma kojim je HVO definiran kao hrvatska komponenta Vojske Federacije Bosne i Hercegovine.
